La République d'Extrême Orient, une nation totalitaire située en Asie, expérimente un jeu de massacre appelé ''Le Programme''. Des classes de 3ème du pays sont choisis arbitrairement pour y participer. Les élèves d'une même classe doivent s'entretuer jusqu'à ce qu'il ne reste plus qu'un seul survivant. Telle est la cruelle règle.
Les 42 élèves de la classe de 3ème B du collège de Shiroiwa se retrouvent engagés dans ce véritable ''jeu de la mort'', sans même savoir pourquoi...